cDNA文库构建/EST测序
客户提供材料
动植物组织、细胞、RNA均可,要求新鲜采集,液氮保存,RNA保证没有发生降解。
签订合作协议
确定样品的特性,注明样品是否有毒。
文库指标
获得的基因文库库容量在 1 × 10 6 pfu 以上,可进行文库的扩增服务,扩增后容量 1 × 10 9 pfu 以上;插入片段平均长度 1.0~1.5kb( 视物种不同而有变化 ) ;
重组率 90%(质粒文库) , 大于 70%( 噬菌体文库 ) ; cDNA 的完整性,读框完整比例 ≥30% (仅对长度为 3 kb 以下的基因而言)。
成功案例
已经成功构建及在建的文库包含棉花,水稻,灵芝,微生物等十几个物种,建库质量高,稳定性好。对于未能达到指标的文库免费重建直至成功。
注意事项
样品需求量:组织( 2 ~ 3 g)细胞(10 8
) , 总 RNA(200ug) , mRNA(5 ~ 10ug) ,请务必保持样品新鲜, RNA 无任何降解,以确保文库质量,请尽量提供物种基因组背景资料信息,如:基因组大小,基因平均长度等等。
技术路线:
1、 直接提取动植物组织的mRNA,或由客户提供的RNA中分离mRNA。
2、 经过逆转录合成双链cDNA ,进行载体的连接转化,构建cDNA文库。
3、 涂板培养进行阳性克隆筛选,菌落PCR鉴定。
4、 DNA模板制备。
5、 测序。
6、 提交数据和相关实验报告。
cDNA文库:
cDNA是由细胞内的mRNA通过逆转录的方式获得的,其包含的一个细胞内的表达信息。多细胞生物的不同细胞的表达信息往往是不同的。若将某一个细胞全部的mRNA(又称为这个细胞的转录组)都逆转录成cDNA,再将这些cDNA连接到载体上(基本上不打断)并转入微生物,那么这些微生物就组成了cDNA文库。
cDNA文库构建的注意事项
1.文库构建的关键在于前期处理能否得到高质量的mRNA,这就要求要有足够数量的高质量的起始RNA,从RNA中分离获得mRNA进行逆转录以获得CDNA。
由于RNA很容易降解,这就导致了从中分离mRNA时获得的mRNA不够完整,推荐使用直接从材料中提取mRNA。
2.反转录成功与否及反转录效率是实验过程中重要的步骤,要求不同的实验材料要有不同的处理方法,根据具体材料的不同作一些调整以期获得好的转录效果。
3.由于噬菌体文库或质粒文库均对载体与cDNA的连接效率要求很高,要有好的连接载体同时要注意在进行产物转染或转化大肠杆菌的效率要求很高,
推荐使用电转的方法。