1994年，澳大利亚Macquarie大学的Wilkins和Williams首先提出了蛋白质组（Proteome）的概念，它源于蛋白质（protein）与基因组（genome）两个词的杂合，其定义为在一种细胞内存在的全部蛋白质。
蛋白质组研究中主要应用的技术包括：双相电泳(2-DE)、新型质谱(MS)技术、数据库设置与检索系统等。为了保证分析过程的精确性和重复性，大规模样品处理机器人也被应用。
整个研究过程包括：样品处理、蛋白质的分离、蛋白质丰度分析、蛋白质鉴定等步骤。当前，蛋白质组分析虽然以双相电泳和质谱分析为其技术基础，但离不开各种先进的数据分析和图象分析软件及网络技术的支持。
蛋白质组学为一种新生领域，目前还处于初期发展阶段，仍有许多困难有待克服。
开放实验室的蛋白质组学研究系列仪器主要及软件由安玛西亚公司生产主要，由以下几部分组成：
一、2-D电泳系统
该系统主要进行2D 电泳第一向等电聚焦凝胶电泳（IEF）和第二向SDS-PAGE电泳。第一向可使用多种规格的预制或自制胶条
二、蛋白凝胶成像系统
安玛西亚公司专业的分子成像系统Typhoon 9400提供高灵敏度、高分辨率的大面积蛋白凝胶成像和分析，可同时进行4色荧光扫描。
三、蛋白质点自动切取机器人
此机器人主要用于2-D蛋白凝胶上蛋白质点的自动切取，可对考马斯亮蓝、银染、荧光染色的蛋白凝胶进行操作。
四、蛋白凝胶图像分析专业软件
安玛西亚公司的Decyder软件适用于大规模、高通量蛋白质组学研究实验室，能快速处理大量2-D蛋白电泳凝胶图像，能够对蛋白质点进行自动识别、定量和比较，可同时比较4色荧光。
五、质谱分析系统
与蛋白质组学配套的质谱为Bruker公司生产，请参阅P10-11。
六、数据库软件
随着蛋白质组学的发展，蛋白质数据库也相应的完善起来，有多个国际组织机构（如NCBI、swissprot）提供免费的数据库检索与软件下载。蛋白质数据库可提供诸如蛋白质、多肽的序列组成、高级结构、功能等相关信息。
开放实验室的蛋白质组学研究系列仪器主要及软件由安玛西亚公司生产主要，由以下几部分组成：
一、2-D电泳系统
该系统主要进行2D 电泳第一向等电聚焦凝胶电泳（IEF）和第二向SDS-PAGE电泳。第一向可使用多种规格的预制或自制胶条。
二、蛋白凝胶成像系统
安玛西亚公司专业的分子成像系统Typhoon 9400提供高灵敏度、高分辨率的大面积蛋白凝胶成像和分析，可同时进行4色荧光扫描。
三、蛋白质点自动切取机器人
此机器人主要用于2-D蛋白凝胶上蛋白质点的自动切取，可对考马斯亮蓝、银染、荧光染色的蛋白凝胶进行操作。
四、蛋白凝胶图像分析专业软件
安玛西亚公司的Decyder软件适用于大规模、高通量蛋白质组学研究实验室，能快速处理大量2-D蛋白电泳凝胶图像，能够对蛋白质点进行自动识别、定量和比较，可同时比较4色荧光。
五、质谱分析系统
与蛋白质组学配套的质谱为Bruker公司生产，请参阅Bruker Daltonics BioTOF-Q™ 质谱仪。
六、数据库软件
随着蛋白质组学的发展，蛋白质数据库也相应的完善起来，有多个国际组织机构（如NCBI、swissprot）提供免费的数据库检索与软件下载。蛋白质数据库可提供诸如蛋白质、多肽的序列组成、高级结构、功能等相关信息。