SHOTGUN(鸟枪法)测序
全基因组鸟枪法测序的主要步骤是:
第一,建立高度随机、
插入片段大小为1.6kb到4kb左右的基因组文库。克隆数要达到一定数量,即经过两端测序的克隆片段的碱基总数应达到基因组大小的6到10倍。
第二,高效、大规模的克隆双向测序。
第三,序列拼装。借助Phred, Phrap, Consed 软件进行序列组装,产生一定数量的contig。
第四,填补缺口。
有两种待填补的缺口,一是没有相应模板DNA的物理缺口,我们通过PCR的方法进行填补;二是有模板DNA但未测到的序列缺口。我们直接在模板DNA上设计引物测序。
鸟枪法流程
